Heart-Shaped Box es un viaje oscuro y poético por los laberintos de una relación asfixiante, narrado con la crudeza característica de Nirvana. Cobain describe la atracción magnética que siente hacia alguien que lo observa “como un Piscis” cuando está débil, creando la imagen de una pareja que ejerce un poder casi hipnótico sobre él. El “heart-shaped box” simboliza un lugar seductor pero claustrofóbico, donde el protagonista se siente atrapado mientras lucha con el deseo de salvar a la otra persona de su propio “cáncer” emocional. Las metáforas de “tar pit trap” y “umbilical noose” refuerzan la sensación de dependencia y de un amor que se vuelve tóxico.
A lo largo de la canción, el estribillo “Hey, wait, I’ve got a new complaint” funciona como un grito de protesta que revela la frustración y el agotamiento que produce esa dinámica. Elementos como las “orquídeas carnívoras” y las referencias a la inocencia rota mezclan belleza y violencia, subrayando el conflicto interno entre el deseo de escapar y la imposibilidad de hacerlo. En conjunto, la letra habla de la vulnerabilidad humana, la adicción afectiva y la búsqueda desesperada de redención, todo envuelto en el inconfundible tono grunge de Nirvana.